[Advanced Published online Journal of Computer Chemistry, Japan, by J-STAGE]
<Title:> Mathematicaによる分子動力学
<Author(s):> 山田 祐理, 片岡 洋右
<Corresponding author E-Mill:> yuri(at)mail.dendai.ac.jp
<Abstract:> 分子動力学(MD)法の初学者への入門のために，Wolfram Mathematicaに よるMDのプログラムを開発した．MD計算やその結果を解析するアルゴリズムを理解し易いように，扱う分子間相互作用はLennard- Jones 12 6ポテンシャル，MDセルは立方体，アンサンブルはNEVまたはNVTアンサンブルのみとした．Mathematicaの ノートブックファイル内で，粒子数，数密度，温度などの計算条件を設定する．計算結果は，熱力学量のほかに粒子の軌跡，粒子配置，二体相関関数， 速度自己相関関数，平均自乗変位および自己拡散係数が出力される．
<Keywords:> Mathematica, Molecular dynamics, Lennard-Jones system, Pair correlation function, Self-diffusion coef cient
<URL:> https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/advpub/0/advpub_2015-0027/_article/-char/ja/
<Title:> Mathematicaによる分子動力学
<Author(s):> 山田 祐理, 片岡 洋右
<Corresponding author E-Mill:> yuri(at)mail.dendai.ac.jp
<Abstract:> 分子動力学(MD)法の初学者への入門のために，Wolfram Mathematicaに よるMDのプログラムを開発した．MD計算やその結果を解析するアルゴリズムを理解し易いように，扱う分子間相互作用はLennard- Jones 12 6ポテンシャル，MDセルは立方体，アンサンブルはNEVまたはNVTアンサンブルのみとした．Mathematicaの ノートブックファイル内で，粒子数，数密度，温度などの計算条件を設定する．計算結果は，熱力学量のほかに粒子の軌跡，粒子配置，二体相関関数， 速度自己相関関数，平均自乗変位および自己拡散係数が出力される．
<Keywords:> Mathematica, Molecular dynamics, Lennard-Jones system, Pair correlation function, Self-diffusion coef cient
<URL:> https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/advpub/0/advpub_2015-0027/_article/-char/ja/
