投稿者: 博佐藤

[Published online Journal of Computer Chemistry, Japan Vol.16, 77-79, by J-STAGE]
<Title:> ベンゼンを基本骨格に持つ正イオン内包ペプトイドの理論的計算
<Author(s):> 川田　修太郎, 袴田　真由, 望月　祐志
<Corresponding author E-Mill:> kawada(at)rikkyo.ac.jp
<Abstract:> ペプトイドは，側鎖がα-炭素原子上ではなく窒素原子上に位置するペプチド模倣物である．近年，主鎖にフェニル環を含む大環状のペプトイドが開発され，カ チオン捕捉の興味深い能力が示された．この論文では，この新しいペプトイドのフェニル環部によるカチオンの対捕捉に関する理論計算を報告する．こ の結果，カチオンに対するπ電子供与の重要性が示された．
<Keywords:> Peptoid, Cation capturing, Macrocycle, π-electron donation
<URL:> https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/16/3/16_2017-0014/_article/-char/ja/

[Advanced Published online Journal of Computer Chemistry, Japan, by J-STAGE]
<Title:> ベンゼンを基本骨格に持つ正イオン内包ペプトイドの理論的計算
<Author(s):> 川田　修太郎, 袴田　真由, 望月　祐志
<Corresponding author E-Mill:> kawada(at)rikkyo.ac.jp
<Abstract:> ペプトイドは，側鎖がα-炭素原子上ではなく窒素原子上に位置するペプチド模倣物である．近年，主鎖にフェニル環を含む大環状のペプトイドが開発され，カ チオン捕捉の興味深い能力が示された．この論文では，この新しいペプトイドのフェニル環部によるカチオンの対捕捉に関する理論計算を報告する．こ の結果，カチオンに対するπ電子供与の重要性が示された．
<Keywords:> Peptoid, Cation capturing, Macrocycle, π-electron donation
<URL:> https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/advpub/0/advpub_2017-0014/_article/-char/ja/

[Advanced Published online Journal of Computer Chemistry, Japan, by J-STAGE]
<Title:> 線形変換と交差検証法による空間線量率予測
<Author(s):> 青山　智夫, 八木　徹, 神部　順子
<Abstract:> 環境中のγ線線量値を長期にわたり予測するため，放射性核種の物性と担体の拡散を考慮した空間線量値の時間変化を直線化する方法を提示した．現象の変化が 直線化できると予測は線形補外となる．交差検証法で過去のデータの一部を用いて予測を行い実測との対応から予測精度を見積る．将来の予測計算も， 過去の処理と同一である．方法自体の精度のオーダは同じである．本処理の可能性を示す指標も示した．福島県伊達市下小国集会所のモニタリング・ポ ストのデータでテストすると，線量予測式と実測値の決定係数は0.9以上，1年先の予測値では0.7であった．観測点の気象的擾乱，周辺環境の変 化は決定係数の低下として現れる．我々は，福島原子力発電所事故により他の市町村に避難し，帰宅時期を考慮している人を想定した．
<Keywords:> Gamma-ray ambient dose rate, Flux prediction, Forest fire, Soil flow, Radioactive cesium
<URL:> https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/advpub/0/advpub_2016-0070/_article/-char/ja/

[Advanced Published online Journal of Computer Chemistry, Japan, by J-STAGE]
<Title:> 反復構造を持つ高分子に対する分子動力学計算のためのパラメータ設定支援プログラムo2pの開発
<Author(s):> 矢部　誠, 園部　智彩, 上田　一義, 武田　穣
<Corresponding author E-Mill:> takeda-minoru-bd(at)ynu.ac.jp
<Abstract:> Molecular dynamics (MD)の実行に必須の結合角や電荷などのパラメータセット(力場)がライブラリに存在しない場合，力場の量子力学計算による算出やパラメータ自動生成 ツールの活用という手法が用いられる．しかし，これらの手法は原子数の多い高分子の場合には適していない．そこで，3つの単位構造(両末端の単位 と中央部の繰り返し単位)を含むオリゴマーの力場を算出し，それらをポリマー形式(両末端部+中央部 × n)に変換し対処することがよく行われる．しかしながら，変換は手作業にならざるを得ず，非効率的でヒューマンエラーの恐れもある．そこで，反復構造を持 つ高分子に対するMDを簡便かつ確実に実行すべく，分子動力学ソフトとして汎用されているGromacs用の力場変換半自動化プログラムo2pを 開発した．開発にあたっては，作業負荷の低減と時間短縮を意図してGUIを積極的に取り入れた．また，複雑なファイル変換過程を自動化することに よってヒューマンエラーの一掃を目指した．本プログラムにより変換したファイルを用いてノナン中のアミロース分子を想定した系でMDを実行したと ころ，実験による報告と同じく左巻きの一重らせん構造が形成され，プログラムが有効に動作していることを確認した．
<Keywords:> Molecular dynamics simulation, Macromolecules, Parameters, Gromacs, Polymer, Repeating unit
<URL:> https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/advpub/0/advpub_2017-0013/_article/-char/ja/

[Published online Journal of Computer Chemistry, Japan -International Edition Vol.3, -, by J-STAGE]
<Title:> Analysis of Time Series of the Ambient Dose Rates
<Author(s):> Tomoo AOYAMA, Jun ASANUMA
<Abstract:> Radioactive substances are diffused by meteorological effects and soil property or underground water. The movements affect the ambient dose rate slowly and with smoothing in the long term. We detect the phenomena at monitoring posts in Fukushima. The monitoring post measures the flux from radionuclides; therefore, we discuss relations between the flux and mass density. Time-decreasing of the flux is a function of convection-diffusion of carriers of the nuclides. At the same time, it is also a decay function of radionuclides. We discuss product of the two functions, and get an expression for the time series of radioactive contaminated grounds. By using the expressions, we research changes of typical contaminants in Fukushima. This indicates movements of radionuclides.
<Keywords:> Radioactive cesium, Re-diffusion, Radioactive substance, Ambient dose rate, Forest fire
<URL:> https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccjie/3/0/3_2016-0053/_html

[Published online Journal of Computer Chemistry, Japan -International Edition Vol.3, -, by J-STAGE]
<Title:> Practical Training on Adding Polarization Function to Basis Set for Molecular Orbital Calculation of Ethylene
<Author(s):> Shin-ichi NAGAOKA, Hiroyuki TERAMAE, Umpei NAGASHIMA
<Corresponding author E-Mill:> nagaoka(at)ehime-u.ac.jp
<Abstract:> Adding a polarization function to a basis set for molecular orbital calculation is frequently useful for producing accurate representations of chemical bonding. This article explains practical training that could greatly promote intuitive understanding of the general idea of adding a 3d-type polarization function in a π-type molecular-orbital function. In the training, by using Microsoft Excel, students draw contour plots of the molecular orbitals supplemented with and without the polarization function in ethylene (CH₂ = CH₂), and visualize the effect of the addition.
<Keywords:> Orbital contour plot, Polarization function, Ethylene, C2H4, Chemical Education
<URL:> https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccjie/3/0/3_2016-0068/_html

[Published online Journal of Computer Chemistry, Japan Vol.16, 52-57, by J-STAGE]
<Title:> Mathematical Stereochemistry as the Theoretical Foundations of Organic and Inorganic Chemistry
<Author(s):> Shinsaku FUJITA
<Corresponding author E-Mill:> shinsaku_fujita(at)nifty.com
<Abstract:> Mathematical stereochemistry is discussed by surveying books written on Fujita’s USCI (unit-subduced-cycle-index) approach, Fujita’s proligand method, Fujita’s stereoisogram approach, and related matters from a viewpoint of developing an interdisciplinary chemistry/mathematics field.
<Keywords:> Stereochemistry, Sphericity, Enumeration, USCI, Stereoisogram
<URL:> https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/16/2/16_2017-0002/_article/-char/ja/

[Published online Journal of Computer Chemistry, Japan Vol.16, 47-51, by J-STAGE]
<Title:> The Bright Side of Mathematical Chemistry
<Author(s):> Haruo HOSOYA
<Corresponding author E-Mill:> hosoya.haruo(at)ocha.ac.jp
<Abstract:> The personal history of the present author’s research career of almost forty-five years in the application of graph theory to chemistry is briefly described in an essay with particular reference to the author’s “bright side of mathematical chemistry.” The chosen topics are as follows: two seminal papers by the present author, more than 1500 citations of his topological index, Z, Hosoya polynomial, Hosoya items, more than 200 papers carrying “Hosoya” in the title, Erd s number, etc.
<Keywords:> Topological index, Hosoya index, Hosoya polynomial, Hosoya items, Mathematical chemistry, Conjecture
<URL:> https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/16/2/16_2017-0011/_article/-char/ja/

[Published online Journal of Computer Chemistry, Japan Vol.16, 58-64, by J-STAGE]
<Title:> LadderグラフのAlgebraic Structure CountとHOMO-LUMO ギャップの周期性
<Author(s):> 溝口　則幸, 野村　泰志, 森川　大
<Corresponding author E-Mill:> nori(at)ksj.biglobe.ne.jp
<Abstract:> ladderグラフのalgebraic structure count (ASC)のサイズ依存性を調べた．ladderグラフのASCの漸化式を導出し，ASC の長さ依存性に周期3の周期性があることを見出した．このASC の周期性を用いて，ladderグラフのnon-bonding MO (NBMO) やHOMO-LUMO ギャップの長さ依存性に同じ周期性があることを明らかにした．
<Keywords:> Ladder graph, Algebraic structure count, Periodicity, Non-bonding molecular orbital, HOMO-LUMO gap
<URL:> https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/16/2/16_2017-0012/_article/-char/ja/

[Published online Journal of Computer Chemistry, Japan Vol.16, 38-41, by J-STAGE]
<Title:> Use of Mathematical Chemodescriptors and Biodescriptors for New Drug Discovery, Environmental Protection, and Surveillance of Emerging Global Pathogens
<Author(s):> Subhash C. BASAK
<Corresponding author E-Mill:> sbasak(at)nrri.umn.edu
<Abstract:> This article reviews results of research on the development of graph theoretical chemodescriptors, topological indices in particular, and proteomics as well as DNA/RNA sequence based biodescriptors and their applications in predicting property/bioactivity of chemicals as well as viruses. Use of biodescriptors in the characterization of emerging pathogens like the Zika virus (ZIKV) has been discussed. The use of proper statistical methods in model building is emphasized with special reference to research carried out by the author of this review.
<Keywords:> Mathematical chemodescriptors, Biodescriptors, New drug discovery, Environmental protection, Emerging global pathogens, Graph invariants, Topological index, Quantitative structure-activity/property relationship (QSAR/QSPR)
<URL:> https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/16/2/16_2017-0020/_article/-char/ja/