[Published online Journal of Computer Chemistry, Japan Vol.17, 1-7, by J-STAGE]
<Title:> 分子動力学計算とNMR計測を用いた糖鎖の配座空間探査
<Author(s):> 山口 拓実, 渡邉 東紀男, 矢木 宏和, 加藤 晃一
<Corresponding author E-Mill:> takumi(at)jaist.ac.jp
<Abstract:> 糖鎖は複雑な分岐構造と高い内部運動の自由度をもち，その立体構造は水中で絶えず揺動している．したがって，糖鎖の生物機能発現に関する分子科学的基盤を 正しく理解するためには，立体構造を動態として描象することが重要である．核磁気共鳴(NMR)法と分子シミュレーションを組み合わせた動的構造 解析法の確立により，糖鎖のコンフォメーションをその揺らぎを含めて定量的に理解することが可能となってきた．常磁性NMR法とレプリカ交換分子 動力学計算法を用いて，タンパク質の品質管理に関わる一連のオリゴ糖鎖のコンフォメーションを明らかにした．さらに，配座空間探査に基づき，糖鎖 とそれを認識するタンパク質との結合様式を解析することで，静的な構造解析だけでは捉えることができない動的な相互作用機構の理解を進めることが できた．
<Keywords:> Oligosaccharide, NMR, Paramagnetic effect, Replica-exchange molecular dynamics simulation, Conformation analysis
<URL:> https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/17/1/17_2018-0011/_html/-char/ja/
<Title:> 分子動力学計算とNMR計測を用いた糖鎖の配座空間探査
<Author(s):> 山口 拓実, 渡邉 東紀男, 矢木 宏和, 加藤 晃一
<Corresponding author E-Mill:> takumi(at)jaist.ac.jp
<Abstract:> 糖鎖は複雑な分岐構造と高い内部運動の自由度をもち，その立体構造は水中で絶えず揺動している．したがって，糖鎖の生物機能発現に関する分子科学的基盤を 正しく理解するためには，立体構造を動態として描象することが重要である．核磁気共鳴(NMR)法と分子シミュレーションを組み合わせた動的構造 解析法の確立により，糖鎖のコンフォメーションをその揺らぎを含めて定量的に理解することが可能となってきた．常磁性NMR法とレプリカ交換分子 動力学計算法を用いて，タンパク質の品質管理に関わる一連のオリゴ糖鎖のコンフォメーションを明らかにした．さらに，配座空間探査に基づき，糖鎖 とそれを認識するタンパク質との結合様式を解析することで，静的な構造解析だけでは捉えることができない動的な相互作用機構の理解を進めることが できた．
<Keywords:> Oligosaccharide, NMR, Paramagnetic effect, Replica-exchange molecular dynamics simulation, Conformation analysis
<URL:> https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/17/1/17_2018-0011/_html/-char/ja/
